En una carta remitida por Carranza al Rey, fechada a los dos meses de su llegada, es decir el 4 de marzo, aquél se queja amargamente del estado de la ya Catedral, asegurando que en España existían muchos retablos más limpios y cómodos. Anota también que "... no hay tablas sino cañas en el techo con cantidad de nidos de murciélagos, todo lleno de polvo y un retablo viejo de lienzo, sin coro ni cosa que huela a devoción y decencia". Se olvidó el buen cura, o lo dejó de lado por desolador, que tuvo necesidad de designar a una persona para que ahuyentara los perros y cerdos que ingresaban como pancho por su casa en el Templo.

Mientras, la gente se bautizaba y casaba en ella. El primer bautismo anotado en los libros que se han conservado, lleva la fecha 16 de marzo de 1611 y corresponde a la niña Antonia Sosa, hija de Antonio y de su esposa Ana Escovar, siendo el cura Juan Martinez de Macedo. El primer casamiento fue consagrado el 6 de mayo de ese mismo año, siendo bendecido por el mismo sacerdote. Los contrayentes fueron Francisca Rodriguez y Francisco Gery. Los padrinos de Pancha y Pancho eran Juan Muñoz y su esposa Beatriz.

El tercer Obispo fue el Fray Cristóbal de la Mancha y Velazco, propietario de uno de los primeros carruajes que rodó por las calles desoladoras de la ciudad, llena de pozos, inmundicias, barro y escaso empedrado.

De la Mancha y Velazco se dedicó a construir un edificio que estuviera más acorde con la importancia que iba teniendo el obispado. Imaginando seguramente alguna de las bellas Iglesias europeas, hizo proyectar un campanario que permitiera que las campanas tocaran cuando debían tocar, lejos de los mal entretenidos que tañían arrebato sin motivo alguno.

De la Mancha y Velazco se dedicó a construir un edificio que estuviera más acorde con la importancia que iba teniendo el obispado. Imaginando seguramente alguna de las bellas Iglesias europeas, hizo proyectar un campanario que permitiera que las campanas tocaran cuando debían tocar, lejos de los mal entretenidos que tañían arrebato sin motivo alguno.

De tal manera, en 1667, el Obispo nombró a Jacobe Ferreira Feo y Juan Maciel para proyectar las obras, las que dan comienzo un año más tarde. Poco antes de su fallecimiento, en 1671, se inauguró el nuevo templo, pero como si fuera un sino, el flamante edificio comenzó a padecer... de goteras, y de peligrosas rajaduras.

Pese a la voluntad de rehacer la Catedral, la falta consuetudinaria de dinero, hizo que se tuviera que esperar muy largos años para principiar las obras. Mientras, los sacerdotes y feligreses, seguramente elevaron sus plegarias para que el templo no se derrumbara.

Pese a los problemas, sin embargo, la Iglesia no era un edificio digno de menosprecio como el que el Obispo Carranza retratara en su tiempo con tanto dolor. A tal punto esto fue así, que el Jesuita germano Miguel Herre hablando de él en 1725 decía que la hermosa Catedral "se halla construida con cal y ladrillos y cubierta de tejas".

Entre plegarias de feligreses en aras de la Iglesia, llegó el año 1680, en que el Obispo Fray Antonio de Azcona Imberto hace construir un horno de ladrillos para proveer de material a la futura Catedral y quieren algunos cronistas, para recaudar algunos pesillos con la venta del vital elemento.

Trece años más tarde la obra está terminada. Es de ladrillo, en este caso casero.., y cal, con entramados de caoba, lapacho y cedro. Poseía, tres naves con areos, cuatro capillas y un pórtico con dos torres que no están más que en su primer cuerpo. La sacristía aun se hallaba en construción no habiendo superado los cimientos.

Los trabajadores, se pudieron precisar, fueron el Sobreestante Jorge Duarte, los carpinteros Francisco, el peón Andrés Fernández, el mulato Francisco y el herrero Manuel de Morales, más varios esclavos negros que cooperaron como albañiles y carpinteros.

Para 1695 las cosas mejoraron, ya que se terminaron de techar las tres naves, faltando sólo finalizar las torres, la sacristía y una capilla. Para 1727 la Catedral tenía ya su segunda torre terminada y lucía un pórtico de ladrillo y cal, encargados por el arcediano Marcos Rodríguez de Figueroa.

Tres años antes, el 9 de julio de 1724 procedentes de Cádiz, arribaron los Jesuitas Miguel Herre, del cual ya hablamos, Andrés Blanqui y Juan Bautista Premoli. Dos eficientes arquitectos que dejaron para Buenos Aires obras como el Cabildo, las iglesias de San Ignacio y San Francisco y el Colegio Máximo de Córdoba entre otras muchas construcciones. El primero, Andrés Blanqui, fue el encargado de continuar con el constante estado de obra de la Catedral.

En tres años las nuevas labores estaban efectuadas aprovechando las torres. Esto es importante ya que algunos cronistas aseguran que ellas fueron una innovación de Blanqui, desconociendo que las construcciones, como vimos, ya estaban terminadas o a punto de serlo en 1727. Estas torres son interesantes al punto de haber sido la causa del bautismo de la actual Calle Rivadavia en el tiempo que historiamos: se la llamó Calle de las Torres.

Pero las cosas no cambiaron demasiado ya que la "hermosa" Catedral se derrumbó. La noche del 23 de mayo de 1752 las tres bóvedas se vinieron abajo, destruyendo en su caída, "más de los dos tercios del edificio". Era Obispo en ese momento, Monseñor Cayetano de Agramonte, el que, a riesgo de su vida, salvó el Santísimo Sacramento antes que todo se desplomara. No todo en verdad, ya que la fachada y las torres terminadas por Blanqui permanecieron en pie.